La Iglesia de San Juan Bautista se localiza posiblemente donde estuvo un templo romano dedicado a Baco, convirtiéndose posteriormente en sinagoga judía. De hecho, la iglesia se encuentra en la antigua judería de la ciudad.

El templo, de estilo gótico tardío, se empezó a construir en el primer tercio del siglo XVI. Desde entonces ha sufrido varias remodelaciones, quedando prácticamente destruido en el año 1936 como consecuencia de los hechos acontecidos en la Guerra Civil Española.

Destaca su típica portada plateresca, su bella y estilizada torre octogonal y el rico Sagrario, realizado por el Arcipreste de Arjona Juan Antonio León.

La Iglesia de San Juan Bautista solo es mencionada una vez en el libro, concretamente en la última página, pero es de gran importancia, puesto que es donde fue encontrada la lápida templaria, en un enterramiento bajo tierra (la Cripta del Barón de Velasco, Barón de Velillos en la obra).

Igualmente, el hecho de estar consagrada a San Juan Bautista es otro guiño más a la Orden Templaria, puesto que una de las teorías de algunos estudiosos indica que los Bafomet Templarios simbolizaban a San Juan, cuya cabeza habrían encontrado en unas excavaciones en Tierra Santa y que los Templarios tendrían embalsamada, por lo que estas representaciones harían referencia al Santo.