El Museo de San Juan de la Cruz, es el único existente en el mundo dedicado a su figura, se inauguró en 1978 en dependencias del convento de San Miguel de los Carmelitas Descalzos, a donde acudió el poeta místico a curarse de las “calenturillas”:

(…) “Yo recibí aquí en la Peñuela el pliego de cartas que me trajo el criado. Tengo en mucho el cuidado. Mañana me voy a Úbeda a curar de unas calenturillas, que, (como ha más de ocho días que me dan cada día y no se me quitan) paréceme habré menester ayuda de medicina “(…).

Este convento carmelitano se funda en el año 1587, bajo la advocación de San Miguel, patrón de la ciudad, fruto del impulso que recibirá la Orden del Carmelo de manos de Santa Teresa de Jesús. Aquí permanece San Juan de la Cruz desde el 28 de septiembre hasta su muerte en una pobre celdilla a las doce de la noche entre el día 13 y 14 de diciembre de 1591.

En 1627, se adosó un Oratorio al convento para albergar el sepulcro de San Juan de la Cruz, siendo el primer templo del mundo católico edificado en su honor. Se piensa que el Oratorio se ubica en el mismo espacio que ocupó la celda donde murió el Santo, existiendo una inscripción en la fachada que recuerda este hecho.

El Museo San Juan de la Cruz se conforma por diversas salas, donde destaca la antigua Sacristía Conventual, donde se encuentran diversas reliquias del Santo, como dos dedos de su mano derecha y que son uno de los principales reclamos del Oratorio. En otras salas se muestran otros espacios y objetos que se relacionaban con el Santo (iconografía, celda donde murió, escritos, etc.). El Museo también se ha enriquecido con una notable biblioteca especializada en temas sanjuanistas y de espiritualidad.